Sánchez Flores comenzó su trayectoria como entrenador dirigiendo en 2009 al equipo juvenil del Real Madrid, club en el que previamente había sido jugador, antes de retirarse en el Real Zaragoza y de una etapa inicial, más amplia, en el Valencia CF, con el que pudo ser internacional absoluto hasta en 15 ocasiones. Sus primeras experiencias en los banquillos en la élite fueron en Getafe, Valencia y Benfica, logrando en el club portugués su primer título con la consecución de la Copa de la Liga en 2009. En su paso posterior por el Atlético de Madrid durante dos temporadas, el hoy nuevo entrenador sevillista logró levantar una UEFA Europa League y una Supercopa de Europa, llegando también en el mismo año 2010 a una final de Copa del Rey que perdió ante el que hoy es su equipo.
Posteriormente marchó a los Emiratos Árabes Unidos para dirigir primero, durante dos temporadas, al Al-Ahli, y luego al Al-Ain. Con el primero de estos dos clubes logró una Copa de la Liga, una Copa Presidente de los Emiratos Árabes Unidos y con los segundos, también logra una Copa Presidente de los Emiratos Árabes Unidos. En la siguiente temporada - la 2014/15-, Quique vuelve al Getafe por un breve periodo y luego arranca un nuevo proyecto en el Watford inglés durante una temporada completa, para luego regresar a y dirigir al RCD Espanyol durante algo más de una temporada. En la 2019/20 prueba suerte en la Superliga China con el Shanghai Shenhua, y sus dos últimas experiencias son dos regresos, primero al Watford para dirigir 12 encuentros en la 2019/20. Más tarde, en su última experiencia hasta ahora, vuelve al Coliseum para dirigir al equipo azulón un total de 66 partidos entre la 2021/22 y la 2022/23.
El nuevo preparador nervionense dirigirá ya esta misma tarde su primera sesión de entrenamiento y mañana el primer encuentro ante el Granada CF en el Nuevo Los Cármenes.
